機動戦士ガンダムSEED

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コズミック・イラ (C.E.) 15年。万能の天才として世界中から注目されていた青年男性のジョージ・グレンは、自分が遺伝子工学によって誕生したデザイナーベビーだったことを告白。その生成メカニズムを全世界にネット公開したことで、遺伝子操作された新人類「コーディネイター」が爆発的に増えていった。
各国で遺伝子操作は法律上禁止されたが、自分の子には優れた能力を与えたいと願う親の欲望を抑えることはできなかった。しかし、遺伝子操作されていない通常の人類「ナチュラル」は彼らの優れた能力に対し嫉妬・恐怖を抱き始めた。後にコーディネイター達は地球を離れ、新世代のスペースコロニー「プラント」を生活の拠点とし、政治結社「ザフト (Z.A.F.T.) 」を組織した。
C.E.70年、プラントと地球側との交渉の席で起こった爆破テロを切っ掛けに、地球を拠点にナチュラルたちで構成された「地球連合」はプラントに宣戦布告。農業用プラント・ユニウスセブンに核ミサイルが撃ち込まれ、24万名以上にも及ぶ死者が出た。ザフトは核攻撃を封じるため、核分裂を抑止するニュートロンジャマー (NJ) を地球圏からプラント宙域に至る全域に敷設。しかし、核兵器だけでなく、原子力発電も行えなくなったことによって地球上は深刻なエネルギー不足に陥り、飢餓や災害によって数億人の死者が出た。これにより双方の反感情はピークに達し、戦争は激化した。
NJの影響で通信やレーダーが使用不可能になったことで、既存の兵器は弱体化。物量で勝る地球連合軍の勝利で終わると予想されていた戦争は、ザフトが開発した人型機動兵器モビルスーツ (MS) の登場によって拮抗。11か月が経過した。
C.E.71年、工学を専攻するコーディネイターの少年キラ・ヤマトは、中立国オーブのコロニー・ヘリオポリスで平和に暮らしていた。しかし、このコロニー内では連合軍による5機のMSの開発と新造戦艦の建造が極秘裏に行われており、その情報を得たザフトのクルーゼ隊は独断で奪取作戦を開始する。日常は一変しコロニーは戦場へと変わり果てた。キラは逃げ惑うちにMS工場へと辿り着き、連合兵とザフト兵の激しい銃撃戦に鉢合わせしてしまう。その中には、幼少の頃の親友のアスラン・ザラがいたのだった。
思わぬ場所でキラと再会したアスランは、戸惑いながらもMS イージスを奪取。キラは居合わせた連合の士官マリューに促されるまま、残された機体ストライクに搭乗し脱出を図る。しかし、待ち構えていたクルーゼ隊のMS・ジンとの戦闘に巻き込まれてしまう。最初はパイロットですらないマリューがアスランとの銃撃により腕を負傷した状態で操縦しており、徐々に窮地に追い込まれていくも、キラは絶体絶命の際に強引に操縦を代わり、未完成だった機体のOSを瞬時に書き換えるという離れ業をこなし、標準装備ながらも驚異的な機動性でジンを撃破する。
キラは無事脱出していた友人達と再会するが、戦闘はまだ続いていた。ストライクはキラにしか扱えないことから、マリューはコロニーからの脱出を成功させるためにも彼に出撃を要請する。キラも友人達を守るため、否応なくストライクに搭乗し、ザフトと戦っていくのだった。

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機動戦士ガンダムSEED ASTRAY

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遺伝子調整され優れた能力を持った人間『コーディネイター』と、そうでない人間『ナチュラル』との間で戦争が起こり、すでに11ヶ月が経過した。激化する戦争でメカの需要は供給を上回り、リサイクルの重要性が上がったことで『ジャンク屋組合』の規模は拡大。そして両陣営は、使い捨てや危険な任務のための傭兵を必要とし、傭兵部隊は数を増やしていった。

中立コロニーヘリオポリス。そこでは地球連合のMSが極秘開発されていたが、それを知ったザフトは5機の内4機を奪取。その際の戦闘によってコロニーは崩壊した。そして数時間後、掘り出し物を求めてコロニーへとやって来たジャンク屋組合のロウとそのメンバー達は、赤と青のMS、そして金色の腕を発見した。思わぬ発見に歓喜するのも束の間、そこにMSの目撃者の抹殺を依頼された傭兵部隊「サーペントテール」の叢雲劾が現れた。プロの傭兵を前に為す術もない状況に追い込まれるも、依頼者の裏切りを知った劾は青いMSを使い、ロウと協力してその場を脱出する。

こうして、ロウの赤いMS「アストレイ レッドフレーム」、劾の青いMS「アストレイ ブルーフレーム」、そして金色のMS「アストレイ ゴールドフレーム」の3体のMSによる物語が始まった。